1963年六月十一日蕭滋教授應美國國務院邀請，在「美國在華教育基金會」交換教授計畫下，奉派前來我國。應聘擔任師大音樂系教職，教授鋼琴、合唱。並應聘擔任臺灣省立交響樂團客席指揮。期間，假美國新聞處舉辦鋼琴講座，以講解、示範、分送講義、個別指導、介紹曲目與進度等方式舉行之，極具成效對提升我國鋼琴教學之幫助極大。

在樂團指揮方面，他先後指揮及訓練的樂團有「臺灣省立交響樂團」、「華岡管弦樂團」、「國立藝專音樂科管弦樂團及合唱團」、「師大音樂系合唱團」、「台視交響樂團」、「光仁音樂班管弦樂團」及客席指揮「台北市立交響樂團」等等，幾乎網羅了近三十年來在臺灣產生的管弦樂團全部。今日臺灣的交響樂團人才中，幾乎都受過他的指導與訓練，而樂團演奏的根基可以說是他建立起來的。

談到他對於臺灣管弦樂團的指導與訓練，團員或學生都無法忘懷蕭滋教授在親自在總譜與分譜的詮釋與註解，既減少排練時間，又使得他能和團員迅速的溝通，他個人深入背總譜的體驗與表現，更使團員理解深入而「完整」的音樂的由來。

蕭滋教授所收集交響樂和音樂藏書的時間，超過二十年以上。從1939年起到1948年處於戰爭時期，物質缺乏，加上這些樂譜大部分是在德國出版的，幾乎不太可能買到的這些資料，但是靠著毅力，蕭滋教授還是成功地蒐集到了所有古典的音樂作品。而這些藏書在他到臺灣之後，除了一大部分捐給師大圖書館之外，所有的總譜與分譜，都無私地提供給團員或學生使用，許多人因此才能見識音樂家親筆詮釋的樂譜，許常惠教授對這些現象的觀察與肯定的論點，絕非虛言。

而在臺灣的二十多年中，蕭滋教授在鋼琴教授方面，更指導了數百位學生之多。從精細的示範、深入的音樂分析，到為學生規劃一系列練習到演出的曲目等等，培養了許多優秀的鋼琴家，至今仍活躍在樂壇上。

此外，1965年蕭滋教授指導華岡管弦樂團，在國際學舍推出臺灣音樂史上第一齣由學生演出的完整歌劇—莫扎特的獨幕劇《劇院春秋》，也是為臺灣音樂史上開創性的事蹟。