據傳康熙年間有僧人樹璧奉媽祖渡臺,在諸羅海口笨港登陸,由當地漳泉移民建祠奉祀,為北港朝天宮之靭始。至乾隆年間地方士紳捐款擴建廟宇,於乾隆39年(1774)年底竣工,目前第三進觀音佛祖殿前的蟠龍石柱便是當時留下的遺物。咸豐以前,朝天宮又歷經三次重修,咸豐5年(1855)大規模改建為四進縱深式殿宇。明治39年(1906)嘉義大地震,正殿及拜殿被毀,地方人士再謀重建,由名匠陳應彬主持重建事宜,新殿於大正元年(1912)落成,即今日所見規模。至民國54年(1965)拆去正殿木構,改為水泥構造。為第二級古蹟。
明信片上有說明文字「是全島第一的媽祖廟,媽祖同時是水神、農神、軍神,全島居民都有著深厚的信仰,每年來祭祀的人數約有四十萬,甚至可以高達七十萬,廟宇也是壯觀宏美至極」。