日本赤十字社(即紅十字會)於1899年(明治32年)在臺北設立臺灣支部,1905年(明治38年)「日本赤十字社臺灣支部醫院」於東門外竣工,由當時總督府醫學校校長高木友枝兼任院長、堀內次雄任副院長,赤十字病院成為醫學校教學醫院。1936年(昭和11年)3月,赤十字醫院建築物由臺北帝國大學醫學部收購,赤十字醫院由東門町遷移至泉町(今臺北市鄭州路上之中興醫院),原址現為臺大醫院新院舍。
臺灣總督府醫學校成立於1899年(明治32年),校長由臺北醫院院長山口秀高兼任校長,暫借臺北醫院一隅充當臨時校舍。1907年(明治40年)新校舍在東門附近落成,1919年(大正8年)改稱臺灣總督府醫學專門學校。1936年(昭和11年)改制為臺北帝國大學醫學部,即今臺灣大學醫學院。