光緒十一年（1885）二月孤拔攻陷澎湖，而後中法議和，宣佈停戰撤兵，結束戰爭。但是孤拔以遠征疲勞，於西元一八八五年六月十一日病卒澎湖，葬在媽宮城（今馬公市）北門外。